本處設下列各課，分別掌理各有關事項：
一、	綜合規劃課：一般公共汽車運輸業、捷運公車系統(BRT)及船舶等綜合規劃事項及智慧型公車運輸系統資訊整合分析。
二、	營運管理課：一般公共汽車運輸業、捷運公車系統(BRT)及船舶之營運管理及運價初審或核備等事項。
三、	運輸稽查課：公共運輸業行車業務稽查、行車事故統計分析、服務指標評鑑及獎懲核定、違反運 輸相關法規裁罰、訴願事項及不屬其他各課事項

相關網址：公共運輸及捷運工程處